Su formación ha cambiado a lo largo de los años. En los primeros años, los cambios fueron forzados por las sucesivas muertes de dos de sus baterías, primero Canito y después su sustituto, el también compositor y cantante Pedro Antonio Díaz, al que ficharon tras poner un anuncio en la emisora Onda 2 tras la muerte de Canito (ambos eran compositores y cantantes además de tocar la batería, y ambos tuvieron una gran influencia en el grupo). A lo largo de los años el núcleo principal de Los Secretos fue el integrado por los hermanos Urquijo (1980-1984): Javier (sólo al comienzo), Enrique (hasta su muerte en 1999) y Álvaro en la primera época con tres LP editados en Polydor; posteriormente Enrique y Álvaro junto a Jesús Redondo, Nacho Lles y Steve Jordan con la reunificación del grupo en 1986 y un mini LP y un LP editados en Twins. La formación actual se compone de Álvaro Urquijo (voz y guitarras), Ramón Arroyo (guitarras), Jesús Redondo (teclados), Juanjo Ramos (bajo) y Santi Fernández (batería).
Su época de mayor éxito profesional se dio en los años 90, cuando encadenaron los exitosos álbumes Adiós, tristeza y Cambio de planes y posteriormente el recopilatorio Grandes éxitos. Un momento muy delicado en su historia llegó en 1999 con la muerte de Enrique Urquijo, un duro golpe que, sin embargo, contribuyó a un renacer de la banda con la publicación del álbum homenaje 'A tu lado' en el año 2000, que contó con numerosas colaboraciones de artistas próximos al grupo.